Retenciones de irpf a profesionales

Hola, mi empresa tiene un problema con las declaraciones de retenciones de profesionales presentadas a hacienda. Resulta que tengo 12 facturas del año 2008 de un profesional, pero 3 de ellas me llegaron tarde y una la he introducido en el primer trimestre del 2009 y las otras 2 quedarían pendientes para el 2º trimestre. El profesional ahora se encuentra en el problema de que el resumen que le ha enviado hacienda de nuestra empresa no coincide con las facturas que el tiene y que va a declarar.
¿Cómo puedo solucionar esto? ¿Tengo qué hacer alguna complementaria?
Gracias