Rectificar IVA

Buenas, me surge la siguiente situación. Declare una factura de un proveedor que no correspondía a mi empresa, cuando esta factura tenia que haberla declarado otra empresa. Hacienda nos devolvía y al quitar esta factura sigue devolviéndonos, pero menos. ¿Cómo hago esta rectificación?, ¿Hay plazos?
Gracias.