¿Me piden que devuelva el importe de la beca?

Hola! Me piden que devuelva la beca de la universidad que me concedieron para el curso 2007/2008.
Yo esa beca la pedí antes de hacer la selectividad: el 31 de mayo rellene el formulario por internet y el 13 de junio de 2007 presente los papeles en la secretaria del Instituto. Una vez me matricule en la universidad a principios de julio, recibí un correo el 20 de julio en el cual me confirmaban la concesión de la beca. Cuyo importe fue ingresado el 29 de noviembre de 2011.
Durante ese año, fui a clase y me presente a exámenes algunos aprobados otros no, pero por problemas personales deje el curso a mitad. Al año siguiente, decidí cambiarme de carrera la cual he terminado en 3 años y todo perfecto. En esta segunda carrera no solicite beca porque ya había recibido beca para realizar el primer curso de la universidad, aunque fuera de otra titulación.
Hasta ahí, todo bien, pero en abril de 2011 me llego una carta reclamándome el importe de la beca ( residencia, libros y residencia complementaria) y la matricula (exención de tasas). El motivo era que no me había presentado a un tercio de los créditos matriculados. Pero eso no es cierto,ya que yo si me presente, pero según los datos que constan en secretaria me faltan 2 créditos para llegar al limite.
En ese momento me puse en contacto con los profesores de ese año académico, pero al haber pasado tanto tiempo no se acordaban de nada, ni tenían exámenes guardados ya que me dijeron que solo guardaban los documentos durante 2 años. Otros de mis profesores se habían jubilado e imposible hablar con ellos. Al final conseguí que el director del departamento de una de las asignaturas dijera que se me había puesto no presentado para que no corriera convocatoria, pero claro eso iba en general no en caso concreto; por lo que en el rectorado dijeron que eso no era valido. Y él no podía hacerlo a titulo personal pues no había sido mi profesor.
Como se pasaba el plazo de 15 días que tenia para alegar, presente mi alegación el día 20 de abril basándome en lo anterior. Pero no obtuve respuesto o resolución a mi alegación.
Pero el 24 de octubre de 2011 recibí, otra carta de la universidad, sin hacer ninguna referencia a mi alegación de abril. Reclamándome el importe de la beca por el mismo motivo que la anterior carta. El 9 de noviembre de 2011 alegue de nuevo, basándome esta vez, en que la acción había prescrito ya que según el articulo 39 de la ley 28/2003, de 17 de noviembre, General de subvenciones (BOE 18 de noviembre), que dice:
- 1. Que prescribirá a los cuatro años el derecho de la administración a reconocer o liquidar el reintegro.
-2.b). Desde el momento de la concesión en el supuesto previsto en el apartado 7 del articulo 30.
A cuyas alegaciones si me contestaron, teniendo la carta fecha el 28 de noviembre de 2011; diciendo que tengo que devolver el importe de la beca, ya que:
"la fecha de 20 de julio que figura en el documento no es la de concesión de la beca, sino la de la comunicación de que se había comprobado el cumplimiento de los requisitos econocmicos para obtenerla. La concesión quedaba condicionada, pues, a la matricula en la universidad, y se produjo, tras la correspondiente tramitación, el 14 de enero de 2008, de acuerdo con la convocatoria".
En dicha fecha, que dicen que se tramito la matricula, ya llevaba 4 meses de curso académico. En esa carta también se decía que el ministerio de educación dictaría una resolución de reintegro.
Hoy, 14 de mayo, me ha llegado la carta del ministerio de educación, cultura y deporte; solicitando que antes del 20 de junio pague la devolución de la beca en su importe más 860€ de intereses. Y que puedo interponer recurso contencioso-administrativo ante la audiencia nacional.
¿De verdad no ha prescrito la acción de reintegro de la beca?
¿Que puedo hacer?
Ayudenme. Gracias.