Comprar piso gravado de hipoteca sin adelantar dinero

Buenas noches,
estoy a punto de comprarme un piso gravado de hipoteca. La intención es pagar al contado y el problema es dar al vendedor el dinero necesario para la cancelación de la hipoteca al momento de la escritura, evitando así de dar este dinero con demasiada antelación (por ejemplo en el contrato de arras, como proponía el vendedor).
Pensábamos que se podía hacer, con el director del banco presenciando las escritura. Pero no es así. Este ultimo (el director del banco donde el vendedor tiene la hipoteca) no va a venir a la escritura. Lo que ha propuesto es que se deje al notario, en deposito, al momento de la compraventa un cheque con el importe pendiente de pago etc... Me pueden por favor acclarar como funciona este procedimiento, ¿si es algo usual y a que tengo que tener cuidado?
Muchas Gracias