Cambio de arranque de windows a otro disco.

Hola, me estoy volviendo loco con un problema del arranque de windows. Tengo un equipo con un HD extraíble con WinXP y hace tiempo metí un HD fijo e instale el W2003 en ese nuevo disco. Como el sistema original WinXP estaba en el HD extraíble, al instalar el Win2003 el arranque multi SO se configuro en el HD extraíble. Mi problema es que ahora solo quiero quedarme con el W2003 en el HD fijo y usar el extraíble como almacen de datos pero no puedo bórralo porque me cargo el arranque. Si saco el disco extraíble, el ordenador tampoco arranca solo con el HD del Win2003. La solución es conseguir restaurar el arranque en el HD fijo de W2003. Lo he intentado con fixboot y fixmbr en la consola de recuperación pero sigue sin arrancar ¿Cómo puedo hacer esto? ¿Hay algún programa que permita hacerlo? Gracias.