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Puedes usar http://jsonutils.com/ y pasar tu archivo JSON y de ahí puedes convertirlo con json.net http://www.newtonsoft.com/json/help/html/DeserializeDataSet.htm puedes basarte en este ejemplo. Si tienes más dudas me comentas y con mucho gusto puedo...

Pues yo creo que la mejor forma es modificar el estatus de los datos antiguos, es decir mi dato activo tiene status=1 y el dato inactivo status=0, que es igual a (status=1 - tabla1 y status=0 - tabla 2), en caso de que el problema sea el cambio, si...