Generar consulta con .bat a un Archivo y extraer conteo de filas especificas

No sé hasta que punto hay que ser riguroso en la comparación de literales (es decir si puede haber otros literales en las líneas que empiecen por SAMPLE_TYPE o REAGENT_MASTER_LOT que no deben ser contabilizados). Si basta con esto para identificar las líneas el BAT siguiente podría servir:

@echo off
Setlocal EnableDelayedExpansion
set /a cn1 = 0
set i1=S
set /a cn2 = 0
set i2=S
for /f "tokens=*" %%a in ('type result.txt') do (
echo %%a^^|find "SAMPLE_TYPE">nul
if errorlevel 1 set i1=N
echo %%a^^|find "REAGENT_MASTER_LOT">nul
if errorlevel 1 set i2=N
if "!i1!"=="S" set /a cn1 += 1
if "!i2!"=="S" set /a cn2 += 1
set i1=S
set i2=S
)
Echo Numero de lineas del primer tipo: ! Cn1!
Echo Numero de lineas del segundo tipo: ! Cn2!

Se supone que el archivo a analizar se llama RESULT.TXT y que las comparaciones tienen en cuenta las mayúsculas y minúsculas. Pruébalo y dime si hay que hacer algún retoque.

Al releer la consulta me he fijado en que en el caso del REAGENT dices "sacar del archivo" y no sé si quieres presentar esas líneas en pantalla o extraerlas a otro archivo diferente y no sé si quieres o no un contador de esas líneas. Para presentarlas en pantalla y mantener el contador bastaría con retocar la línea en la que dice:

if "!i2!"=="S" set /a cn2 += 1

para que diga:

if "!i2!"=="S" set /a cn2 += 1&echo %%a

Muchas Gracias lo ejecute pero no realizo nada, tengo un Archivo original con la Data que se llama RESULT.TXT y quiero pasar a un nuevo Archivo tabulado que se llame RESULT2, en este nuevo archivo quiero pasar el conteo de códigos ASSAY_ID 1102 donde el Nro 1102 puede cambiar y el SAMPLE_TYPE PATIENT donde PATIENT puede ser QC y el REAGENT_MASTER_LOT "95959UN17" el campo en comilla puede ser diferente.

La idea es poder ejecutar el .bat y que genere otro archivo con el conteo de códigos "95959UN17" cuantos ASSAY_ID 1102 usaron el "95959UN17" y cuantos PATIENT Y QC utilizaron el "95959UN17" .Atento muchas Gracias

Sería bueno que me facilitaras algún pantallazo en el que se vea el código del BAT tal como lo has generado y la salida del mismo. No sé si tienes experiencia en esto pero te intentaré indicar lo que me gustaría que hicieras:

1- Abrir una ventana CMD o Símbolo del sistema

2- Situarse en la carpeta en la que esté el archivo a tratar (RESULT.TXT)

3- Se supone que el bat estará en esa mism carpeta. Si el bat se llama PRUEBA.BAT quiero que lo listes con el comando TYPE PRUEBA.BAT y me muestres lo que sale.

4- Ejecuta el BAT y muéstrame lo que sale en la ventana CMD