Descuento de baja que no corresponde en la nómina actual

Resulta que debido a una operación de vista no pude ir a trabajar unos días, pero al ser miopía se consideraba como estética y no se me paga...

El caso es que ahora tras unos meses, es cuando me lo descuentan de la nómina... Pero la manera de descontarlo es lo que no tengo claro... Porque me han descontado el bruto que no me debieron pagar, como retención... Es decir... Imaginad que me tienen que descontar 1000 brutos por la baja no correcta, y me debían pagar 2000 brutos este mes, pues me lo han descontado no del bruto de este mes, bruto menos bruto, y luego hacer la retención del IRPF, para sacar el neto, sino que me han hecho la retención del IRPF del bruto del mes, me lo han descontado y aparte me han descontado el bruto de ese total... Por tanto en vez de hacer 2000-1000=1000 y de ahí retienes IRPF... Han hecho 2000-400 si ese fuera el IRPF=1600 y a esos 1600 le han quitado 1000... ¿Eso es normal?