Baja en Comunidad Autónoma distinta a la de mi trabajo.

Soy funcionaria y estoy embarazada de 32 semanas, quiero viajar a la comunidad autónoma donde residen mis padres para que me hagan unas pruebas médicas por lo que me voy a coger unos días de asuntos propios, pero es posible que con el resultado de las pruebas me aconsejen no viajar y tenga que quedarme con mi familia hasta dar a luz, por lo que me empadronaría allí para que me asignen un médico de cabecera y me de la baja. Si me dan la baja en la comunidad autónoma donde reside mi familia, ¿puedo presentar estos partes de baja en mi trabajo y no tendré problemas? ¿Pueden obligarme a volver si por prescripción médica ya no puedo viajar?