Padres separados sin estar casados

Hola, me acabo de separar de mi pareja después de 13 años de relación y 2 niñas de por medio y mi pregunta es. Si no pongo en manos de la justicia el tema de la custodia de las niñas ¿Qué tipo de problemas podrían surgir? Quiero decir ¿Qué si el padre esta obligado a ver las niñas o yo de dejárselas?