Padrón en distinto municipio que vivienda habitual

Buenos días, mi pregunta es la siguiente:

En el año 2009 me compre mi vivienda habitual, en el año 2012 me compré otra vivienda por cercanía a mi lugar de trabajo, dependiendo de épocas paso mas o menos el 50% de mi tiempo en mi vivienda habitual y el 50% en mi segunda vivienda. Empadronarme en el municipio donde tengo mi segunda vivienda me reporta ciertas ventajas y mi pregunta es que si me empadrono en este municipio ¿tendré algún problema en seguir desgravándome los gastos de mi vivienda habitual?.

Un saludo y muchas gracias