Hola tengo que emitir una factura con un descuento por subvención de la Junta de Andalucia

Cuando contabilizo, tengo una duda en la forma de proceder. Me explico:

La base de la factura es 2.245,95

El iva es 471,65 y el descuento que aplico es de 1.122,98

El total de la factura es 1.594,62 que es lo que me paga el cliente. Los 1.122,98 me los paga la Junta, pero la subvención es del cliente.

Si llevo a la 430 la base de la factura (2.245,95) la cuenta 700 me queda descuadrada, y cuando me paga la junta los 1.122.98, la 430 la tengo descuadrada también o como lo contabilizo. Perdonad pero tengo un lio grande. Entiendo que es como si el total de la factura me lo pagaran por dos partes, pero como lo plasmo.

Gracias por todo