Autónomos y alquiler local

Buenas tardes,

Mi madre alquiló en Mayo un local para poner un negocio de reparación de zapatos. Se dio de alta en el Mod. 036 para poder alquilar. Yo he ido enviando las facturas mensualmente al inquilino con su IVa y retención y ahora, llegando el día 20 lo llamé para recordarle que tenia que ingresar el IRPF en hacienda. Cuál no será mi sorpresa que me comenta que a fecha de hoy, aún no se ha dado de alta de autónomos porque en la empresa en la que trabaja le han trasladado a Valencia y que supone que para diciembre podrá abrir y entonces se daría de alta como autónomo. Él va ingresando en la cuenta el alquiler (que es bajo) y en la cuenta el concepto es alquiler local.

Bien, pues al final, quedé en que yo no ingresaba los IVAS y que en diciembre cuando se dé de alta, le hago una factura por el total ingresado en la cuenta (de todos los meses), con el iva y el irpf correspondientes, para que así queden justificados los ingresos de la cuenta de mi madre. Las facturas enviadas hasta ahora las rompe.

Creen que he hecho bien apuntando esta posible solución?, por otra parte, tengo "miedo" que llegando diciembre "se acomode" y no se de de alta en autónomos tampoco,,,y entonces cómo justifico el dinero que se ha ingresado en cuenta?. Por otra parte, también he oído decir, que si no está dado de alta de autónomo el inquilino, solo puedo facturar por el importe ingresado sin reflejar ni el iva ni el irpf en factura.

¿Qué me recomiendan que puedo hacer?

Gracias de antemano. Un Saludo