Podría tener algún problema por salir ilegal (tarjeta de extranjero caducada) de España?

Tengo una pregunta y agradecería si tienen una respuesta porque estoy preocupada.
Soy de nacionalidad chilena y vine a España en Noviembre del 2016 con visa de estudiante a realizar un postgrado en Barcelona. Cuando llegué a España me dieron la tarjeta de extranjero que caducaba en julio del 2017 y luego tenía que realizar los trámites para la prórroga de la visa para hasta cuando acabara el curso que es ahora en diciembre de este año.
Existen varias vías para hacer la prórroga y yo la hice por correo para asegurar que quedara el trámite certificado, sin embargo dos semanas después de esto me llegó un sobre que era una devolución de extranjería con todos los documentos que yo había enviado y sin nigún mensaje que indicara si faltaba algún documento o cuál era la razón de la devolución. El tema es que ya me encontraba fuera de plazo para volver a solicitar la prórroga y en este momento estoy como ilegal.
El postgrado acaba la tercera semana de diciembre y yo tengo billetes de vuelta a Chile para el 12 de Enero.
Quiero saber si tendré algún problema en el aeropuerto para regresar a mi país como por ejemplo que me retengan o me cobren una multa, y si tendré problemas para entrar a España si en algún momento quiero volver.