Tengo un flujo marrón después de haber tomado la pastilla de emergencia

Hace días tuve relación con protección pero ocurrió que el condón se quedó adentro entonces me tomé la pastilla de emergencia a las 48 horas después de la relación, pero se supone que cuando tuve la relación a los dos dias me bajaba y como no ocurrió recurrí a la pastilla, al día siguiente de haber tomado la pastilla tuve un flujo color marrón y no me ha bajado. ¿Es esto consecuencia de la pastilla?