Windows xp

Perdón por la demora lo que pasa es que he estado enfermo. Mira lo que se me ocurre es que intentes entrar con un diskette de arranque de windows 98 (lo puedes crear desde una pc con 98 desde Agregar o Quitar Programas) y por medio de comandos (del "nombre de carpeta") intentes borrarla. Otra cosa a tener en cuenta es que siempre que inicies te preguntara en que sistema operativo quieres arrancar y eso se soluciona editando un archivo (Propiedades del Sistema/Opciones Avanzadas/Inicio y recuperación)click en editar y borra la entrada no correspondiente.

Como bien dices, no se pueden eliminar las carpetas así como así, y como los de Microsoft son muy listos, Windows no lleva ninguna opción para desinstalar, así que, la única opción es formatear... Puedes hacerlo cómodamente desde tu Windows de C:, pero te recomiendo que antes de eso, salves los datos importantes haciendo un backup en un DVD, o pasándolo a tu partición en C:, pendrive, lo que se te ocurra :P
Bien... Para hacer ese formateo, sólo tienes que ir a Mi PC, seleccionar la otra partición con el botón secundario de tu ratón (normalmente el derecho), y elegir "Formatear...". Pulsas el botón "Iniciar" después de haber comprobado que está seleccionada la capacidad máxima, y listo ;)

Lo más fácil, entra con el sistema que tienes en c:, y formatea el disco de, desde mi pc, después editamos el boot.ini,(en propiedades del sistema - opciones avanzadas - inicio y rec. En el botón configuración)dale en editar y escribe aquí lo que te aparece para indicarte que debes borrar.

Si no veo el ordenador es difícil ayudarte. De todas formas, si tienes alrededor de 100 Gb libres en esa partición, no me preocuparía de como se haya instalado.
Trabaja con el ordenador y en la próxima instalación que hagas de ese ordenador, lo instalas todo bien.