Te comento que hace no mucho realicé un proyecto de cibercafé utilizando linux como servidor y en algún cliente, y para el programa de control de terminales, tiempos, inventarios de productos y cosas a vender, tenía varias alternativas, la más interesante por sencillez era con el programa llamado "cafeconleche" que pinta muy bien, pero ahora que veo la maquina servidor que tu mencionas, no se si se le va a poder agregar un kde o gnome que ande bien y un motor de base de datos que te va a requerir casi cualquier programa de gestión de cibers, deberías tener algo más de memoria ram yo creo para que luego no te lamentes, también depende de la distro de linux que elijas si no es muy nueva pude ir bien. Ahora los programas que te recomiendo son como ya he dicho; cafeconleche; te dejo los links a otros excelentes proyectos también:
http://phpsicafe-ii.sourceforge.net/
http://dascybernetz.sourceforge.net/y el cafe con leche:
http://ccl.sourceforge.net/
Que pases bien.