Duda sobre desorden hormonal por anticonceptivos o embarazo.

Hola... Estuve usando anticonceptivos inyectables (cada mes) por un año, pero debido a una migraña los suspendí por dos meses para descartar que fuera la causa. Esto me provocó que el primer mes me bajara dos veces mi periodo, al finalizar el segundo mes esperaba que llegara nuevamente mi menstruación para reiniciar con la inyección, tuve manchitas cafés y asumí que era el inicio de mi periodo y me la apliqué. Pero después de esto solo tuve una vez más manchas cafés, pero llegó mi menstruación (tengo una semana de retraso) En estos dos meses sin la inyección tuve relaciones pero con protección de preservativo... Por lo que tengo la duda de si el atraso se debe a un desorden hormonal por las inyecciones o a un posible embarazo... Por favor ayudenme, estoy muy confundida!!