Problema con la menstruación

buenas tardes!!! En el mes de enero fui al ginecólogo por que tengo quistes en un ovario, y me mando a tomar pastillas anticonceptivas por 6 meses, ahora bien en el mes de marzo y abril no las tome, ojo:tuve relaciones sexuales con protección y fueron pocas las veces, en el mes de mayo mi menstruación bajo normal el 8 de mayo y allí comencé a tomar de nuevo las pastillas en primer día de mi regla que en este caso fue el 8, pero el 15 de mayo tuve relaciones sin protección pero ya tomando las pastillas, a partir del 22 de mayo comencé con dolores de vientre y en la caderas y el 26 de mayo me vino la menstruación con dolor de vientre pero manchas con coágulos de sangre y de color marrón y con mal olor, espere 7 días a que se fuera y comencé de nuevo con las pastillas, ahora bien hoy es 27 de junio y no me a bajado esto es debido a que???? Ayudenmeeeeeeee