¿Que causa el flujo marrón escaso? ¿Afectan las pastillas anticonceptivas?

Hola, sufro de endometriosis y mi ginecólogo me receto pastillas anticonceptivas que he estado tomando por 2 años seguidos. Soy sexualmente activa y siempre he tenido menstruaciones abundantes de 4 días, pero desde hace 3 meses mis menstruaciones han sido muy escasas, de dos días y de color marrón, ademas siento punzadas en la parte baja del abdomen, de ambos lados, es efecto de las pastillas? Debo preocuparme? A que se puede deber?
A pesar de que tomo pastillas, hay veces que me salto una o me retraso en la hora, si tengo relaciones debo preocuparme por quedar embaraza después de tanto tiempo tomando las pastillas?

Gracias!