Autónoma de baja por maternidad ¿Cómo facturar estando de baja?

LLegue a un acuerdo con una empresa sobre el pago de un trabajo que ya realice. Ese pago se me repartiría en una serie de mensualidades, en concreto 7. Y ahora voy a coger la baja por maternidad. Necesito facturar ese dinero y cobrar la baja por maternidad a la vez.

No se como hacerlo. Me han dicho algo sobre un FE, es como un fijo acordado¿? Y como se hace?¿