He trabajado un mes y medio como autónomo para una empresa y me ponen peros para pagar, ¿Qué hago?

Hola, hace un mes y medio que estoy como autónomo, trabajando para una empresa, he finalizado los trabajos que me han encargado, ahora a la hora de cobrar me dicen que tengo que hacer una factura pero por mucho menos dinero, (que será un adelanto) pero en la factura tengo que poner en concepto lo que he hecho, cuando ellos solo me están pagando una parte y además me dicen que para cobrar eso tengo que firmar un contrato de colaboración, que se habían olvidado de dármelo, me lo envían y lo leo y no estoy de acuerdo con varios puntos, me he gastado todo el dinero que tenía en empleado y combustible para realizar los trabajos y ahora me encuentro con esto ¿Que hago?