Mi novia esta de baja con un contrato por obra,¿Cuál es la situación al terminar la obra?

Hola, mi novia esta embarazada en situación de baja medica por molestias derivadas del embarazo, el caso es que ayer terminó contrato y le dijeron que dejaba de estar en la empresa para pasar a la mutua cobrando una parte de su sueldo y que ese tiempo que estuviese con la mutua se le descuenta del paro ¿es esto correcto? Nosotros pensábamos que seguiría contratada en la empresa y que la mutua le pagaría el 100% 
Un poquito de ayuda, que somos muy burros. Gracias