Baja laboral antes de fin de contrato por sustitucion

Hola: Tuve un contrato por sustitución en el que antes de finalizar estuve de baja en la que me diagnosticaron una enfermedad severa y crónica, me comunico la empresa mientras estaba de baja, (hace un mes) ,el fin de contrato por incorporarse la persona a al que sustituía. La mutua para seguir pagándome me solicito determinados papeles para seguir pagándome la baja
Mis preguntas son .
Me tiene que seguir pagando la mutua mi baja ?...Que duración tiene que ser?......de donde sale lo que me tiene que pagar?
Gracias por vuestras respuestas de antemano.