¿Puedo tener problemas con una liquidación negativa?

Buenas,intentare ser lo mas breve posible.Empece a trabajar de vigilante con un contrato a tiempo parcial,solo 32 horas al mes con una empresa,al año y pico me surrogaron a otra empresa que entro nueva en el servicio en el que yo estaba trabajando,llevando un mes con la nueva empresa por problemas de salud estuve un año de baja por tres operaciones en una pierna,y cual fue mi sorpresa cuando yo cobraba al mes unos 350 euros y al empezar de baja empece a cobrar entre 500 y 950 euros al mes,no llame a la empresa por que era lo que me venia en nomina pero si me parecido raro,pues así desde marzo del 2011 hasta diciembre de 2011 y de enero a abril de 2012 he estado cobrando 145 euros nada mas.Me llego la carta de retenciones para hacienda y pone que he ganado 7600 euros, al tener otro trabajo evidentemente me toca pagar a hacienda.Pues en mayo de este año debido a las operaciones tengo que dejar el trabajo voluntariamente porque no aguanto de pie como vigilante y firmo una baja voluntaria,me comentan que me llamaran para firmar la liquidación y cual es mi sorpresa cuando me dicen que me sale la liquidación en negativo,que si no me había dado cuenta que estaba cobrando mas de lo normal?,yo le digo que si me extraño pero como coincidía con la nomina no dije nada y en ningún momento me llamaron de la empresa para decírmelo,yo entiendo que a sido un error de ellos,que me estuvieron pagando como un trabajador a jornada completa en ves de jornada parcial,pero a efectos de hacienda yo tengo que pagar una burrada en comparación con el año pasado,mi pregunta es la siguiente: que es lo que me puede pasar con una liquidación en negativo?,tengo yo la culpa de que ellos se hayan equivocado?,me pueden hacer devolver el dinero que me han dado de mas de alguna manera?,debo firmar esa liquidación en negativo?Agradecería vuestra ayuda ,ya que de esto no entiendo nada,y pienso queue desde que cobre mas de la cuenta tenia que haber avisado,pero como comente,no dije nada porque nunca estuve de baja y no sabia esi tenia queue cobrar mas o menos,y ese a sido mi error,gracias de antemano y perdón por la extensión del caso .