Darse de baja mientras se realiza una sustitución

Mi mujer es profesora de Secundaria y lleva unos meses en paro. Desde hace unos días está sustituyendo a otro profesor que está de baja médica. Entretanto nos enteramos de que se ha quedado embarazada, y el médico le quiere dar la baja por tratarse de un embarazo de riesgo. Nos surgen las siguientes dudas:
1. Si durante esta sustitución coge la baja, ¿seguirá cobrando la retribución habitual?
2. Qué organismo le pagaría, ¿el INEM o la Seg. Social?
3. Al darse de baja, ¿seguiría corriendo el paro, o se paralizaría hasta que le dieran el alta tras el parto?
4. Si su baja durase más que la del titular, al darse éste de alta ¿en qué situación administrativa se encontraría mi mujer y qué pasos tendría que dar para regularizar dicha situación?
Muchas gracias por adelantado.

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