Registro de contabilidad en una Asociación

Buenas tardes y ante todo gracias por su ayuda.
Mi consulta es la siguiente, mi hermana trabaja en una Asociación sin animo de lucro junto con otra compañera realizando las tareas administrativas, entre ellas la contabilidad.
Ahora le han enviado una carta en la que se le despide por causas objetivo económicas.
Como ella lleva la contabilidad sabe que tan solo hubo peridas en el año 2008, pero que nunca se registro la contabilidad en el Registro Mercantil ni tan siquiera los libros ya que todo lo llevan en el ordenador con el programa contaplus.
Esta situación esta demandada y la Asociación le ha dado los documentos a una asesoría, la cual esta haciendo unos movimientos en la contabilidad de años anteriores para que figuren perdidas en el año 2008 y 2009, ya que una factura del año 2008 quiere imputarla también al 2009 y de este modo saldría perdidas en los dos.
De cara al juicio pueden aportar una documentación falsa ya que han tocado la contabilidad de años anteriores.
Mi pregunta es la siguiente ¿están obligados a registrar, en el Registro Mercantil, la contabilidad?
¿Cómo le he dicho antes es sin animo de lucro y a año no deja apenas beneficio los ingresos y gastos rondan los 50.000?.
Gracias por su ayuda.
Saludos.