Ordenar y/o agrupar filas y columnas de una matriz (de rigidez) en una nueva matriz

Amigos tengo una matriz grande y deseo agrupar algunas celdas como (1,1);(1,4);(4,1);(4,4)..., etc en las primeras filas y columnas de una nueva matriz. ¿Algún consejo para mejorar mi código?