Soy chilena mi novia española me empadrone por salud,volví a chile y quiero volver con carta de invitación...

Soy chilena y mi novia española viaje a visitarla por primera en nov 2016, no sabia cuanto tiempo debía estar y al enterarme ya me había pasado un mes y pico, durante mi visita me empadrone por salud, como he vuelto a chile por miedo al saber que me pase de los 90 días, ¿ahora mi novia me quiere enviar la carta de invitación pero sabemos si me perjudica el estar empadronada ya que al salir de españa no me dijeron nada y no aparezco con prohibición de entrada?