Autónomos, facturación IRPF inferior 70%, Modelo 130

Me presento, me llamo Sergio y me encargo de realizar el papeleo de mi novia, que es autónoma.

El problema se me acaba de presentar porque le han comentado algunos de sus compañeros que en la Casilla 1 del Modelo 130, las facturas que ella hace a los centros donde trabaja (es fisioterapeuta), no hay que incluirlas, argumentando que el centro cuando haga (no recuerdo qué modelo), ya informará a Hacienda sobre esos ingresos, ¿esto es cierto? Yo tenía pensado que en el Modelo 130 había que incluir tanto las facturas que hiciese a los centros como a los clientes particulares (estos ya sin retención IRPF).

Otra consulta, hemos ido haciendo las declaraciones trimestrales del modelo 130, y hemos ido pagando en cada trimestre. Ahora bien, si esas facturas de centros no las incluimos, al hacer la declaración del 4T los ingresos bajarían muchísimo y saldría negativa. Si ya hemos pagado en trimestres anteriores, y finalmente al hacer la última declaración (acumulativa) sale resultado negativo, ¿qué pasa con ese dinero que ya hemos pagado?

Y finalmente, si tu facturación se concentra en estos centros y supone más del 70% desaparece la obligación de presentar el modelo 130, entonces, ¿qué habría que presentar?

Perdón por el testamento, pero son dudas muy importantes que tenemos que intentar aclarar. Vamos un poco perdidos.