Pasos a seguir en una separación con hijos menores

Mi mujer y yo estamos pensando en separarnos y quería saber que pasos debemos seguir. Estamos de acuerdo en hacerlo amistosamente. Tenemos 3 hijas menores. Mi consulta es la siguiente: Si llegamos a un acuerdo tanto en el régimen de visitas como en la pensión que debo pasar (teniendo en cuenta que ella es la que se queda con el uso y disfrute de la casa y que yo tango que hacerme cargo de la mitad de la hipoteca), ¿puede luego un juez cambiar algo de lo pactado entre ella y yo? Sobre todo me refiero a la pensión por mis hijas. Teniendo en cuenta que yo tengo otros muchos gastos a los que hacer frente (letra coche, prestamos, alquiler nuevo piso, etc) hemos pactado una cantidad acorde con sus necesidades y las necesidades de las niñas para que en ningún momento les falte de nada, pero no se si dicha cantidad puede ser modificada por el juez aunque tanto la madre como yo estemos de acuerdo en ella.