El dolor durante la primera relación sexual, cuando se produce, no es por el desgarro del himen, que no tiene terminaciones nerviosas y su ruptura es imperceptible (salvo como una leve tirantez de la zona de la entrada vaginal), sino por las laceraciones que se producen en las paredes vaginales, cuando de forma involuntaria, ante el temor a la penetración y sus consecuencias, la mujer las mantiene en contracción, sobre todo si se espera tener dolor y no se está relajada durante el acto, ese miedo es el que no permite que la musculatura vaginal se relaje y provoca que la penetración sea dolorosa.
El himen es una capa delgada de tejido que oculta parcialmente el orificio vaginal de algunas mujeres, y solo de algunas porque hay un gran número que, contrariamente a lo que se cree, nacen sin himen. La delgada capa de tejido que cubre la vagina en la etapa fetal, por lo general se abre parcialmente antes del nacimiento, apertura que permite la salida del sangrado menstrual. El tamaño y forma de esta apertura o aperturas varía mucho de una chica a otra y hay niñas que al nacer no tienen restos de himen, porque el tejido se divide por completo mientras están aún en la matriz. Solamente alrededor de un 50% de mujeres experimentan sangrado la primera vez que tienen relaciones, producto del desgarro himeneal, igualmente el himen de algunas mujeres se rasga en más de una ocasión y puede sangrar durante varias relaciones, no solo la primera vez.
En cuanto al malestar que mencionas, podría tratarse de una infección de orina, que necesite tratamiento por parte de tu médico, no dejes de consultarlo con él.