Libros legalizados y cuentas anuales

Llevo la contabilidad de una pequeña empresa constituida en 2013, y tengo varias dudas.

1-) En abril se legalizaron los libros oficiales, en la contabilidad había metido la cuota del autónomo administrador como gasto, (no hay trabajadores) y ahora, después de leer por internet, creo que eso estaba mal, este gasto no debería pagarlo la empresa, sino el autónomo, y en caso de que lo pague la empresa, como es mi caso, el importe de la cuota debería contabilizarlo en la cuenta 551.

¿Es así? ¿O podría dejarlo como gasto para el resultado contable y realizar un ajuste para el resultado fiscal en el impuesto de sociedades?

2-) También tengo duda sobre la contabilización de los gastos de constitución; los contabilizé en la cuenta 113 de reservas, pero no realizé ningún asiento más. ¿Me falta algún ajuste para el Imp Soc?

La sociedad ha tenido pérdidas... ¿debería realizar algún ajuste impositivo por este concepto? ¿En qué fecha?

3-) Al tener pérdidas, ¿debo realizar algún asiento por el impuesto de sociedades o mejor nada por el principio de prudencia?

4-) Por los cambios que se realicen de las cuestiones anteriores, probablemente tenga que cambiar la contabilidad con los libros ya legalizados, aunque ya estoy fuera de plazo legal, como se trata de una empresa muy pequeña, podría realizar algún cambio para depositar las cuentas correctamente. En este caso; ¿Se podría realizar algún comentario en la memoria y modificar la contabilidad para el depósito de cuentas?

Si las cuentas formuladas en marzo, no se aprueban "a la primera", ¿se pueden realizar cambios para aprobarlas y depositarlas correctamente en julio? ¿Cómo es el proceso?