controlador de dominio en w2000 server

Hola, lo que pretendes hacer por lo que veo es generar un contralador de dominio y otro de réplica. Para ello, cuando estes instalando el DCPROMO (el Active Directory) en el segundo equipo, en una de las opciones te dice si el equipo es un AD individual o pertenece a algún arbol de dominios, en ese caso le dices que forma parte de un arbol de dominios y lo agregas como DC secundario. Una vez terminado todo ´se sincronizará automáticamente copiandote todo el árbol de directorio, así como las carpetas NTDS, Sysvol, etc...
Cuando una te caiga, el otro tomará el control. Te recomiendo usar Windows 2003 que permite copias exactas del AD, en W2K no llegan a ser exactas, digamos que el secundario pertenece en cierta medida del principal, pero su funcionamiento es el mismo.
Ojea esto:
http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/windowsserver2003/es/library/ServerHelp/e3f241b5-82a0-4c24-a56a-bfc00ce1b5c2.mspx

Ah, y sí que tienes que eliminar el dominio que tienes creado con el otro nombre.

Suerte.

Te recomiendo que primero lo saques del dominio actual, y después lo agregues al nuevo dominio. Aunque tb lo puedes hacer como tu dices, simplemente que te dará un error al cambiarlo diciendote que no ha podido eliminar la cuenta del equipo en el AD (lógico, ya que dejará de existir el dominio anterior).
Si realizas una instalación desde cero, mejor que mejor, evitas el dejar restos del anterior AD.
Suerte, verás como es fácil.

No tienes que hacer nada de forma manual, al instalar el nuevo dominio en el servidor nuevo le indicas que va a formar parte de un dominio ya existente. Le indicas cual es tu dominio y el solo se sincroniza todo lo necesario para mantener una réplica.
Es decir, inicia el dcpromo y lee bien los pasos, veras como en una de las preguntas te da la opcion a añadirlo a un dominio ya existente.
Suerte.

Si lo has hecho como dices deberías de tener el AD replicado en el otro servidor..de lo contrario algo salió mal. Algo se nos escapa. Prueba repetir los pasos, mira esto de todas formas:

http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/windowsserver2003/es/library/ServerHelp/9d20cbd0-c9de-4014-9c1e-cca10da66213.mspx

Suerte de nuevo.

Usando de nuevo el dcpromo. Es el mismo comando para instalar y desintalar.
Saludos.

Bien. Una respuesta aceptable.