Problema con autoexec

Hola, he tenido un problema con los paths en windows 95. He programado una pequeña interfaz que lanza una aplicación en java. Para ello lanzo con diferentes menús archivos .bat en los que modifico el PATH y el CLASSPTH, pero cuando voy lanzar la aplicación en otra ventana MS-DOS, ya no tengo configurados ni el PATH ni el CLASSPATH.
Hay alguna forma de que eso no ocurra, ¿es decir que me guarde los cambios de una ventana a otra? Gracias