Instalar Windows en una partición y archivos en otra

Claro, cuando asignas particiones a tu disco duro, es como si tuvieras instalado físicamente el numero de particiones que le has asignado, si tienes 20 particiones en un solo disco duro, tu sistema operativo las tratara como si fuera cada una un disco duro instalado independeinte, tu puedes formatear una partición y las otras particiones quedaran completamente intactas, no hay ninguna problema con eso.
El tema interesante aquí es tu pensamiento de crear una partición muy pequeña, cosa que no es recomendable porque cuando la memoria ram se llena, el sistema operativo intercambia procesos con el disco duro y toma una parte de la partición del sistema operativo como memoria ram temporal, lo recomendable es tener uno 60% para los archivos y un 40% para el sistema operativo, yo por ejemplo tengo un disco duro de 500gb, mi sistema operativo esta en una partición de 260 gb y ha ocupado 186, y luego tengo otras 2 particiones de 108gb y 100gb respectivamente.
Otro problema es que si creas una partición muy pequeña para el disco duro no podrás instalar programas y en algún momento tendrás que volver a formatear porque ni siquiera vas a poder abrir un navegador de internet ya que no se van a poder guardar ni los archivos temporales de internet...
Así que piénsalo bien, dale unos 200gb a tu partición C y unos 300 a tu parcicion D.

Bueno, yo hablaba de darle unos 20 o 30 GB a la C: donde está el SO y el resto del disco duro a la otra. Mi idea principal era que el sistema operativo estuviera en C: y guardar toda la información (Archivos de Programa, Descargas, Trabajos, etc..) en el D:, y que el sistema de C: intercambiara esos archivos y datos con el D:
Supongo por tu comentario anterior que eso no es posible, pero si se pudiera hacer sería muy útil, ya que si se daña el SO, simplemente lo reinstalas y los archivos y programas seguirían estando en el D:

No, ahí estas totalmente equivocado, los programas deben ir instalados en C y te voy a decir el porque.
1) Todos los programas tienen claves de registro en windows que si borras esas claves de registro los programas no funciona, así los programas estén instalados en C o en DE, cosa que pasaría si formatearas.
2) La mayoría de programas tienen archivos escondidos en alguna parte del disco C, sea para validar si son originales, o para actualizarlos o para alguna otra cosa... Si estuvieras en el DE, al formatear se perderían esos archivos y los programas no funcionarían.
3) Los indices de memoria real, al estar una parte del programa en C y otra parte del programa en DE (como en el caso 2), los indices de memoria ram que apuntan cada uno a su parte del disco, puede ocasionar conflictos ya que nosotros no sabemos como están creados los programas y pueden llamar al disco C para buscar algún archivo y el programa no esta en el disco C, esta en el disco DE, entonces, error, el programa no sirve.
4) No es ordenado, lo que si seria ordenado es tener toda una partición entera de los instaladores, yo tengo mi tercera partición llena de programas instaladores, ya sabes a que me refiero con los instaladores, a los archivos .exe que le das doble click y te instala el programa, tengo toda una partición llena de eso, para que cuando formatee, instalo todos mis programas de frente sin tener que volver a bajarlos.