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Hola!
la mejor opción es el cifrado de las particiones. Un software muy bueno es http://www.truecrypt.org. Deberías entrar en cada partición y cifrar la partición activa, cada una con contraseña diferente. De esta forma, aunque entre un virus no podrá hacer nada en la otra partición.
Otra opción es ocultar esa partición. Una vez que arranques con un windows, vas al administrador de discos (boton derecho en Mi PC->Administrar), pulsas botón derecho en la partición del otro windows, cambiar letra y rutas de acceso de unidad, y la que te salela borras. De esta forma, no podrás "ver" esa partición en el Explorador de Windows. Pero podrá accederse de otras formas, según como esté escrito el virus... Por eso la mejor opción es el cifrado.
Un saludo
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