Problema al iniciar windows

Hola,
Ayer al encender el ordenador, al iniciar windows se interrumpió poniendo, uno de los discos necesita ser comprobado para ver coherencias. Pone algo referente a archivos nfts y que va a escanear el disco c. Pero cuando está escaneando se queda colgado al 3%, y  tengo que reiniciar y saltarme el proceso para que inicie windows.
Porque ha pasado esto y que puedo hacer para que no salga cada vez que enciendo el ordenador.
Gracias

He hecho la defragmentación pero todo sigue igual. Incluso he realizado el escaneo de la unidad c desde windows, y al finalizar pone que se han detectado errores pero que ya se ha solucionado el problema pero sigue haciendo lo mismo
Saludos

Perdona por tardar en responder. Bueno nada dió resultado, ni dejandolo horas para avanzar el escaneo. Pero un día, (el ordenador es un portatil), se recalento (a veces le pasa) y se apaga inmediatamente. Al iniciar despues de ocurrir esto hace unas comprobaciones y un análisis. Bueno pues despues de esto ya no ha vuelto a fallar. Ya ves que cosas.
Un saludo