Excepciones en c#

Puedes simplemente enviar un New Exception("Mensaje"); con eso es suficiente, pero si deseas tener un mayor control y otras cosas más de la excepción, puedes crear una clase que herede de exception y manipularla completamente a tu antojo.

Una aclaración aquí por favor... lo que no entiendo es lo siguiente:
Tengo un método que recibe una matriz y un array, y compara el array con cada columna de la matriz; suponiendo que el array tenga una longitud de 5 y la matriz sea de 4x4... ¿esto iría de la siguiente forma? y ademas como haria para manipular la clase Exception? solo con override? ¿O creando nuevos métodos en la clase que hereda?
Metodo(int[,] matriz,int[] vector)
for (int i=0;i<4;i++)
{
     for (int e=0;e<vector.lenght;e++)
     {
        try
         {
             if(matriz[i,e]==vector[e])
             {
              contador++;
              }
        }
         catch(--------------)
        {
               -----------------------
        }
{
}
}
}

Debes controlar el tamaño y validar para que no de una excepción, l estructura catch la controlas con un Exception como lo planteas esta muy bien.

Bueno, gracias... dos ultimas preguntas y dejo de molestar:
El problema pide lo siguiente: definir una clase TestException, de manera que las únicas excepciones que se propaguen sean de este tipo.
Y yo pregunto: ¿En el caso de un FormatException como haría para que pertenezca a la clase TestException que yo he creado?
Y segundo problema: Como funciona un método con un argumento de tipo flujo (BufferedReader) en c#

Cuando captures la excepción la devuelves pero del tipo que quieres o sea testException y le pasas los parámetros que necesites a ese tipo de excepción.
El parámetro debe ser del tipo que vas a enviar en este caso del que mencionas, sino todos los flujos se pueden convertir a un array de bytes de manera sencilla

public int numero()
        {
            int numero;
            try
            {
                numero = int.Parse(Console.ReadLine());
                if (numero < 0)
                {
                    throw new TestException("No se acepta números negativos en esta instancia");
                }
            }
            catch (Exception)
            {
                throw (new TestException("Error");
            }
            catch (TestException)
            {
                numero = 10;
                Console.WriteLine("\tSe ha establecido por defecto el número 10");
            }
            return(numero);
 ?Eso no se puede hacer... cierto?cual es la forma correcta?
esta es mi clase testException
class TestException : ApplicationException
    {
        public TestException(string mensaje)
            : base(mensaje)
        { Console.WriteLine("Se ha producido un error");
        Console.WriteLine(mensaje);}
    }
¿Qué puedo hacer en ella? ¿Lo único que puedo hacer es hacer constructores?