Crear Consulta en VFP

Puedes crear una rutina para hacerlo en forma "manual", suponiendo que ambas tablas tiene la misma estructura:
Select tabla1
Go Top
Do While !Eof()
     Select tabla2
     Seek tabla1.campoID
     If Eof()
          Select resultado
          Append Blank
          Replace resultado.campoID With tabla1.campoID, ;
               resultado.campo1 With tabla1.campo1
               resultado.campo2 With tabla1.campo2
               resultado.campo3 With tabla1.campo3
     EndIf
     Select tabla1
     Skip
EndDo
Select tabla2
Go Top
Do While !Eof()
     Select tabla1
     Seek tabla2.campoID
     If Eof()
         Select resultado
         Append Blank
         Replace resultado.campoID With tabla2.campoID, ;
              resultado.campo1 With tabla2.campo1
              resultado.campo2 With tabla2.campo2
              resultado.campo3 With tabla2.campo3
     EndIf
     Select tabla2
     Skip
EndDo

¿Las tablas son nativas de VFP?

Si las tablas son nativas ¿Porque usar instrucciones Select-SQL? aunque desde mi punto de vista no es lo mejor:
SELECT Facturacion_mayo.factura_det as factura_det, ;
Factu_enca_mayo.factura_enca as factura_enca, ;
Facturacion_mayo.total_det as total_det, ;
Factu_enca_mayo.total_enca as total_enca, ;
Facturacion_mayo.suc_det as suc_det, ;
Factu_enca_mayo.suc_enca as suc_enca ;
FROM Factu_enca_mayo,Facturacion_mayo ;
Where Facturacion_mayo.factura_det Not In (SELECT Facturacion_mayo.factura_det as factura_det, Factu_enca_mayo.factura_enca as factura_enca,;
Facturacion_mayo.total_det as total_det, Factu_enca_mayo.total_enca as total_enca,;
Facturacion_mayo.suc_det as suc_det, Factu_enca_mayo.suc_enca as suc_enca;
FROM Factu_enca_mayo inner JOIN Facturacion_mayo;
ON Factu_enca_mayo.factura_enca = facturacion_mayo.factura_det;
ORDER BY Facturacion_mayo.suc_det, Factu_enca_mayo.suc_enca;
WHERE Factu_enca_mayo.factura_enca = Facturacion_mayo.factura_det;
AND Factu_enca_mayo.suc_enca = Facturacion_mayo.suc_det) And ;
Factu_enca_mayo.factura_enca Not In (SELECT Facturacion_mayo.factura_det as factura_det, Factu_enca_mayo.factura_enca as factura_enca,;
Facturacion_mayo.total_det as total_det, Factu_enca_mayo.total_enca as total_enca,;
Facturacion_mayo.suc_det as suc_det, Factu_enca_mayo.suc_enca as suc_enca;
FROM Factu_enca_mayo inner JOIN Facturacion_mayo;
ON Factu_enca_mayo.factura_enca = facturacion_mayo.factura_det;
ORDER BY Facturacion_mayo.suc_det, Factu_enca_mayo.suc_enca;
WHERE Factu_enca_mayo.factura_enca = Facturacion_mayo.factura_det;
AND Factu_enca_mayo.suc_enca = Facturacion_mayo.suc_det) ;
INTO table c:\Factu_mayo