Validar Buffered

De nuevo reo yo! Que lata doy verdad pero tengo una duda con el buffered.
Ya lo coloque en mi código, y si funciona todo bien y eso. Esta ventana (de donde es el pedezo de código) si la cierro y la vuelvo abrir si me recupera el ultimo numero todo bien churumbelo(bonito).
Pero cuando cierro la aplicación por completo, y la vuelvo abrir y abro la ventana correspondiente esta SI sigue con la numeración, pero se salta el ultimo numero es decir empiezo 1,2,3,4,5 Cierro la aplicación y vuelvo a abrir la ventana y comienza 7,8,9,10. NO me muestra el ultimo numero.
Ayuda!
Te coloco el código:
Estos los declare desde el princippio
BufferedWriter out;
 BufferedReader in;
 String str;
 static int contador;
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
jbReporte=new JButton("Reportes", new ImageIcon("iconos/reporte.png"));
     jp.add(jbReporte);
     jbReporte.setBounds(470,80,110,25);
     jbReporte.addActionListener(new ActionListener(){
      public void actionPerformed(ActionEvent ae){  
        JasperViewer jasperViewer;
        Connection con = null;
        Map<String, String> parametros = new HashMap<String, String>();
                         parametros.put("p_nom_per",jtfPer.getText());
                         parametros.put("p_nom_ubi",jtfUbi.getText());
                        parametros.put("p_nom_zona",jtfZona.getText());
                        parametros.put("p_num_rep",jtfReporte.getText());
                         parametros.put("nom_per","nom_ubi");
                     try{ 
                    try{
                     con = Conexion.getConexion();
         in = new BufferedReader(new FileReader("secuencia.txt"));
         while ((str = in.readLine()) != null) { contador = Integer.parseInt(str); }
         in.close(); 
         contador++;
         out = new BufferedWriter(new FileWriter("secuencia.txt"));
         out.write(String.valueOf(contador));
         out.close();
         JasperReport jasperReport = (JasperReport)JRLoader.loadObject("reportes/general.jasper");
                                 JasperPrint imprime =  JRFiller.fillReport(jasperReport,parametros,con);
                                 jasperViewer = new JasperViewer(imprime,false);
                                jasperViewer.show();
                     jtfReporte.setText(contador+"");
                             }catch(SQLException sqle){
                                System.out.println("No se logro la conexion  " + sqle.getMessage());
                             }
                         }catch (Exception e){
                          e.printStackTrace();
                         }
      }
     });