Java aplicación jre

Hice una aplicación en java. Ahora quiero distribuirla. La aplicación necesita varias librerías que yo añadí al jdk. Supongo que debo distribuir el jre con estas librerías. ¿Cómo empaqueto todo (el jre + librerías adicionales + mi aplicación) en un solo ejecutable de tal forma que el usuario final solo tenga que hacer doble clic para correr la aplicación?.

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Puedes crear una carpeta para tu aplicación, ahí pones el jre (con tus librerías) y pones el jar de la aplicación, creas un archivo .bat (si lo distribuyes sobre windows, si va a ser sobre Linux creas un script de shelll) y desde ahí ejecutas tu aplicación (ojo, tienes que asegurarte que tu aplicación corra desde el jre que tu distribuyes no desde algún jre que ya se tenga instalado en la maquina que lo instalas). Todo esto lo puedes comprimir en un zip y para instalarlo solo descomprimes.
Si usas algún tipo de paquete instalador hasta te puede crear los accesos directos.
El jar de una aplicación java no puede contener otros jar dentro de el, es por eso que no puedes distribuir todo en un gran archivo .jar
Si tienes alguna duda, con gusto te apoyo.
Añadí el jre a la carpeta. Cree un batch que instala el jre, copia los archivos necesarios y crea los accesos directos. El batch funciona en XP pero en vista no. Si le doy doble clic los permisos no son suficientes. Si lo ejecuto como administrador aparece como si el batch estuviera en C:/windows/System32 y pierdo todas los paths( ya no se encuentran los archivos). ¿Cómo hago para que el batch sepa desde donde fue llamado?
Puedes intentar 2 cosas, la primera cambiarte al directorio de instalación de tu programa antes de ejecutar el jar (Esto debería mantener el directorio en tu instalación).
La otra es cuando creas el acceso directo, ve a propiedades y en el directorio de trabajo pon la ruta de la instalación de tu aplicación.
Yo también he tenido muchos problemas con windows vista, hace cosas medias extrañas.
Una tercera opción un poco más drástica, es que uses el java instalado en la maquina, mueve tus librerías a un directorio dentro de tu instalación y en el manifiesto del jar, añade esa carpeta como parte de tu classpath, esto permitirá que al hacer doble click directamente sobre el jar la aplicación funcione.
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Si tu aplicación es de tipo escritorio solo tienes que entregarle el jre para que pueda correr la aplicación, y se supone que si realizaste el proyecto en netbeans las librerías adicionales van dentro del .jar, de no ser así, tienes que crear un .jar y agregar los archivos.class y las librerías.
Sin embargo hay aplicaciones en el mercado que te ayudan a crear tu instalador para que se ejecuten ambos instaladores al mismo clic.
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Perdón por la tardanza ya que he estado muy liado.
El JRE en teoría no debe incluirse, cualquier persona que quiera ejecutar una aplicación Java en su ordenador debe instalarse el JRE por su cuenta, es obligatorio, y no se puede o debe incluir en las aplicaciones.
Después en cuanto a la aplicación puedes optar por crear un ejecutable de la misma (.EXE) con todo lo necesario o crear un paquete con todo lo necesario (.JAR) y se ejecutaría con el comando java (que viene en el JRE), se puede incluir un archivo BAT que haga esa ejecución. Para lo segundo yo uso un plugin de Eclipse que mete todas las librerías y la aplicación en un solo Jar (Fat Jar se llama).

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