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Hola.
La decisión de hacerlo web o no depende mucho de lo que quieras hacer. Si es una aplicacion a la que van a acceder varios usuarios y se tienen que compartir datos,etc. pues mejor hacerlo web. Pero si va a ser una aplicacion de un solo usuario donde ese usuario es el unico que va a acceder pues mejor hacer una aplicación de escritorio.
Yo personalmente no haría una aplicacion de escritorio con java puesto que hay otras tecnologias menos complicadas, como C#, para ello, y usaría java para las aplicaciones web.
Estudia la usabilidad de la aplicacion y en funcion de ella decide como hacerlo.
Un saludo.
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