¿Es un error de la GUI?, o que es lo que pasa

Hola elkin,
La GUI se bloquea porque estas utilizando el thread de proceso de eventos de la GUI para ejecutar la tarea repetitiva, por lo que no puede atender otros eventos hasta que termine.
Seguramente se llama al método que ejecuta la tarea repetitiva desde el actionPerformed de algún ActionListener, o el método que procesa los eventos de algún listener del GUI.
Para evitar esto debes poner ese código dentro del método run() de alguna clase que implemente el interfaz Runnable y arrancar un thread para ejecutar la tarea repetitiva desde él. Al usar esta técnica, es normal, incorporar algún mecanismo para que el nuevo thread pueda notificar a la GUI (y al usuario) los resultados cuando acabe de ejecutarse la tarea, y también los resultados intermedios que procedan.
Un saludo.