Convertir archivo de texto a formato epub

Si que se puede, no se bien como lo queres hacer y que version de delphi estas usando pero en fin, te respondo por partes:
1- Encriptacion: con esta parte no hay mayores complicaciones, podes usar los componentes "DCPCrypt" (http://www.cityinthesky.co.uk/opensource/DCPcrypt) que son open source y tienen buenas referencias. Aunque si no te queres complicar tanto y el nivel de seguridad que nececitas no es tan grande, lo que hice yo fue crear mi propio algoritmo de encriptacion, por ejemplo: asignarle un entero a cada letra, reemplazar la letra por ese entero y multiplicarlo por 256. Como ejemplo... vos podes hacer cualquier otra cosa... y despues lo desencriptas con el proceso inverso.
2- Conversion de Archivos: este tema es mas complicado. No creo que quieras programar a mano la conversion vos mismo, seria una locura. Te recomiendo algo muy sencillo. Te bajas algun programa que haga esto por vos e inclus la referencia al mismo dentro de tu programa, es decir, por ejemplo, te bajas el portable del programa "calibre" (http://calibre-ebook.com/download), lo incluis en la instalacion de tu aplicacion y mediate una opcion en el menu, un boton, etc, llamas al ejecutable para que se inicie la aplicacion. Si lo que queres es hacerlo vos y que sea transparente al usuario... Estuve investigando un poco y encontre las herramientas "ePUB-tools" (http://code.google.com/p/epub-tools/) que tambien sirve para convertir estos archivos, pero mediante linea de comandos. Ovbiamente es mas dificil de implemntar, pero tendrias que investigar como funciona y los parametros que necesita y listo.
PD: Si tu aplicacion va a ser comercial, el uso de un programa externo podria traerte problemas legales. Lee bien la licencia de cada programa que vayas a usar.
Espero haberte dado una minima idea del problema, y por cualquier duda, me volves a preguntar. Y no te olvides de decirme que version de delphi usas.