Sinceramente no se porqué se pueda originar tan fastidioso error, pero se me ocurre una solución, descárgate el Xpadder que es muy liviano y sirve para emular movimientos del teclado con un gamepad. Supongo que para que no haya interferencia con el juego debes desactivar el mando desde las opciones o algo así y ya luego configuras el Xpadder para que los botones del control sean los mismos del teclado y tal vez aí se te arregle el problema.
Para la próxima debes especificar el modelo de gamepad que tienes porque así uno queda a medias. Puede que el juego no esté bien programado para ese modelo porque si dices que con el FIFA10 no hay problema entonces el mando está bueno.
Aquí el link del Xpadder:
http://www.megaupload.com/?d=QVIJCZPN
Espero que te funcione y "no dudes en comunicarme tus dudas".