Problema instalar dos (2) HD's.

¡saludos!

Bueno, sobre el problema de que no inicia windows y tus archivos no te puedo ayudar mucho, ya que lo mio es hardware, pero te puedo ayudar en configura los discos correctaemnte.

Por regla general y optimo rendimeinto el orden de los discos duros y dispotivos IDE (cd´roms y eso) son:

en la controladora primaria colocar los discos duros configurados como maestro y esclavo o cable select (en este segundo punto deben estar ambos como cable select) en la segunda controladora debe estar los otros dispositivos ide como lectores de cd-dvd.quemadores, el orden es: los lectores como primario y los quemadores como secundario. ¿porque este arreglo? bueno, si mezclamos discos duros con lectores simpemente el sietema debe rebajar la velocidad de su bus al dispositivo mas lento, si a un disco duro que es ata 100 le ponemos un lector de dvd que es ata 33, entonces el sistema baja la velocidad a 33mhz y esto reduce drasticamente la integridad del equipo, por eso cada dispotivo por separado, rapidos con rapidos y lentos con lentos. nunca los combines, esto se hacia antes porque los discos duros eran lentos y las controladoras IDE no eran inteligentes como hoy en dia.

si tienes mas dudas por favor avisame, de lo contrario cierra la pregunta.

¡suerte!

Excelente. Una fantástica solución.