Esas carpetas que dices son carpetas del sistema y no se pueden mover, ni siquiera cambiar de nombre. Lo único que podrías hacer es desinstalar los programas que tengas instalados y volverlos a instalar, pero en esta ocasión escoger instalación personalizada para poder poner que se instalen en la unidad D. Con eso pasarías casi todo lo que tienes en archivos de programa.
Pero de todas formas lo que yo haría sería juntar las dos particiones en una, reformatear y reinstalar Windows.
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