Copias de seguridad en CD

Adaptec direct CD es el mejor software que existe para tus propósitos. Ahora bien, no es gratuito y yo no sé dónde puedes conseguirlo. Pero si buscas bien en un buscador el crack y te bajas la demo de su página ofical (www.roxio.com) podrás conseguirlo. Si no, descarga InCD de www.ahead.de (busca la página de dowloads), que es la segunda mejor alternativa.
Aunque a mi me parece mejor crear un CD de datos con WinOnCD, diciéndole primero en la compilación (CD de datos) los archivos que quieres grabar en un CD y hacerlo en una sola sesión, porque los programas que formatean el disco de la grabadora SIEMPRE dan problemas. Y cuando digo siempre es siempre.
En cuanto lo de hacer un disco de seguridad es bastante difícil desde el punto de vista que tú lo planteas. Para eso necesitarías altos conocimientos de las "entrañas" de windows y conocer y dominar algún lenguaje de programación bastante potente, tal como Delphi o C++, y aún así sería difícil. La alternativa que tienes a esto es exportar los favoritos a un archivo desde el navegador o buscar la carpeta en archivos de programa que los contiene. En outlook u outlook express puedes usar el comando Importar - Exportar del menú archivo, para guardar carpetas y mensajes en un archivo que puedes recuperar en otro ordenador o entrando como otro usuario. La configuración del escritorio podrías solucionarla creando un tema de escritorio, que no es fácil y grabando también el archivo al disco. Los documentos, pues copiando la carpeta de mis documentos también al CD. Pero eso de que con el disco dentro en cualquier ordenador con windows se te cargue todo como tú quieras, tendrías que preguntarlo a otro experto en informática, aunque fuera de la programación, dudo que pueda darte una solución.
Espero por lo menos que te haya quedado claro, por lo menos, lo del programa de grabación, que te repito, no son buenos programas. Lo siento, pero en lo de la copia de seguridad personalizada y autoejecutable no puedo ayudarte.