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El desfragmentador de disco lo que hace es levantar la información repartida por todo el disco para unirla de forma que toda la información de un programa, archivo, etc que esté repartida por todo el disco se recoloque de forma continuada por grupos para poder acceder a ella de forma más rápida y hacer que el disco trabaje menos.
Al interrumpir el proceso, toda la información que estuviera levantada o escribiéndose en otra parte del disco, puede haberse perdido.
Mi consejo, reinstalar el sistema operativo si puedes hacerlo desde el sistema operativo encendido, si no, formatear.
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